اگرچه بعد از رحلت پیامبر اسلام اختلافاتی بین مسلمانان برای انتخاب خلیفه و شیوه‌ی حکومت به وجود آمد اما یاسین قاسمی بجد در کتاب خلیفه با استفاده از دیدگاه‌های پیشگامان علم تاریخ و روایت‌های مورد اعتماد علما و متخصصان علم حدیث نشان می‌دهد که بیشتر اختلافاتی که امروز مطرح می‌شوند ناشی از تحریف تاریخ است. از نظر یاسین قاسمی بجد آسیب‌شناسی اختلافات بین مسلمانان وظیفه‌ای شرعی است و باید برای علاج آن اندیشه کرد. او در کتاب خلیفه سعی می‌کند با استفاده از احادیث معتبر، آیات قرآن و روایت‌های تاریخی قابل‌اعتماد در این مسیر گام بردارد. خلافت راشدین یکی از نقاط مورد مناقشه میان مسلمانان است. ازنظر یاسین قاسمی بجد تحریف تاریخ باعث شده که روایت‌های تفرقه‌آمیزی از این دوره میان مسلمانان رواج داشته باشد. درحالی‌که گروه‌های زیادی از افسانه‌ها و خیال‌پردازی‌ها و روایت‌های دروغین برای پیشبرد اهداف شخصی خود استفاده می‌کنند؛ کتاب خلیفه به دنبال از بین بردن نفاق و اختلاف ناشی از این روایت‌ها است. از نظر یاسین قاسمی بجد صفات ارزشمندی که به اصحاب پیامبر داده شده نشان می‌دهد سرشت آن‌ها با تحریف‌های تاریخی متفاوت است. افتخار صحبت و هم‌نشینی با خاتم پیامبران موهبتی است که تأثیر خود را بر زیست و زندگی خلیفه‌های صدر اسلام نیز گذاشته است. یاسین قاسمی بجد در کتاب خلیفه به رابطه‌ی صمیمانه‌ی یاران و خاندان رسالت اشاره می‌کند تا رحمت و شفقت بین اهل‌بیت و صحابه‌ی پیامبر را مورد تأکید قرار دهد. او قصد دارد نشان دهد که باوجود درگیری‌ها و جنگ‌هایی که بین ایشان درگرفته اما آن عزیزان همچنان با یکدیگر رحیم و مهربان بوده‌اند. او با ارجاع به متن اندیشمندانی چون سید امیرعلی هندی نشان می‌دهد که رابطه‌ی حضرت علی علیه‌السلام با ابوبکر، عمر و عثمان همیشه بر پایه‌ی مهربانی و احترام بوده است. مدح خلفای راشدین در قرآن کریم و اشاره به فضایل شیخین در نهج‌البلاغه از دیگر منابع مورداستفاده‌ی یاسین قاسمی بجد در کتاب خلیفه است. او با اشاره به وصلت‌های خویشاوندی بین خلفای راشدین برای از بین بردن روایت‌های کینه‌توزانه از ارتباط بین اهل‌بیت و صحابه‌ی پیامبر تلاش می‌کند. این نگاه به ارتباط بین چهار خلیفه‌ی صدر اسلام در آثار مختلفی از ادبیات فارسی نیز مشاهده می‌شود که در انتهای کتاب خلیفه نمونه‌هایی از آن‌ها جمع‌آوری شده است.